生物統計学

お知らせ

1/20,27 はオンライン講義の予定です。[2022-01-26 水]

15時~から、zoom によるオンライン講義を行ないます。

リアルタイム配信で行ないます。 参加できない人は、録画を視聴してください。

参加、視聴した人は、Googleのアンケートに回答してください。

URL : https://zoom.us/j/5280602571?pwd=WFNlRmYxcHVaRXV3eW10dkswVVFWdz09 ミーティングID: 528 060 2571 パスコード: 0yzsb1

12/13,20 はオンライン講義をおこないました。

13回目の講義を録画しました。

https://drive.google.com/file/d/1i7sbOa9XrBiiZ8g4LRKqcbjH9_zsPMiN/view?usp=sharing

視聴後は、Googleドライブの12回目の講義のアンケートに回答してください。

12回目の講義を録画しました。

https://drive.google.com/file/d/1ja0WjrCd9exeifwuJ-ROGFJBJFNEONGk/view?usp=sharing

講義開始後10分位、録画されてませんので注意してください。 レポートの説明をしたのですが、録画されていません。 講義の終りに再度度説明しました。

視聴後は、Googleドライブの12回目の講義のアンケートに回答してください。

毎回のアンケート [2022-01-26 水]

./enq.html

3,4,5 回目のレポートを出題しました [2022-01-20 木]

./report.html

12/16 の手書き説明

./summary/summary.html にアップしました。

2回目のレポートを出題しました

./report.html

12/02 講義終了後，R/RStudio の質問に答える時間を設けます。

先週，何人かの人から質問がありましたが，解答にまとまった時間が取れませ んでした。すみません。

なので，要望があれば，今週から，一緒に考える時間を取りたいと思っていま す。

Todo 今日 (1/27) の講義 13th

Rによる入門統計学

入門統計学の8章

分散分析
一元配置

解説: 1元配置分散分析（One-way ANOVA）

  • [X] 教科書とスライドによる内容説明 [4/4]
    • [X] 8.1 3群以上の平均の差の検定
    • [X] 8.2 対応のない一元配置分散分析
    • [X] 8.3 F検定
    • [X] 8.4 対応のある一元配置分散分析
  • ./org/RforS-II-07.html [2/2] 別の本の内容でRによる演習を行ないます。 (講師の担当講義(データ解析)で使用しています)。
    • [X] 7.1 一元配置分散分析 (対応なし)
    • [X] 7.2 一元配置分散分析 (対応あり)
  • 参考サイト: 分散分析 数式による説明 https://www.ouj.ac.jp/mijika/tokei/xml/k3_06023.xml
二元配置 [3/3]
分散分析のまとめ [/]
検出力 [/]
多重比較法 [/]

下記ページで簡単にふれます:

実践演習

R言語 分散分析ANOVAで多群の比較を行う【初心者向け】

  • 各自このページを読み
  • RStudio をつかってまとめ・理解・演習し
  • Rstudio で文書化しましょう。

Todo RStudio

Rnotebook から pdf を作成するために

repocoを使うための準備について を参考に，

  1. RStudio で，tinytex パッケージのインストール
  2. tinytexパッケージに機能で， TeXLive の tiny 版をインストール
  3. ghostscript をインストール
  4. RStudio の に_knit_to_PDF の中から，ghostscript を呼びだせるように 設定する

./org/daizu.html に従って，Rmarkdown を使ってみましょう。

./org/daizu.Rmd に従って，Rmarkdown を使ってみましょう。

RStudio (1)

講師も RStudio が使える環境を手に入れたので，気付いたことを書き留めよ うと思います。

  • 生物統計用のプロジェクトを作ろう
  • 毎回のRのプログラムを，R-スクリプトとして残そう

RStudio の機能

  • file
    • file
      • R-script
      • R-notebook
      • R-markdown
    • project
    • import data set
  • session
    • project
    • session
    • working directory
    • workspace
  • view
  • Run
    • chunk
  • Knit
  • chunk
project
import data set
session
  • new session
project
session
working directory
workspace
view

R 入門

初心者用 - R_Stats2.pdf の8，9，10，11章

先生の演習ノート [4/6]

講義記録

1/20 の講義 13th

Rによる入門統計学

入門統計学の8章
分散分析
一元配置

解説: 1元配置分散分析（One-way ANOVA）

  • [X] 教科書とスライドによる内容説明 [4/4]
    • [X] 8.1 3群以上の平均の差の検定
    • [X] 8.2 対応のない一元配置分散分析
    • [X] 8.3 F検定
    • [X] 8.4 対応のある一元配置分散分析
  • ./org/RforS-II-07.html [2/2] 別の本の内容でRによる演習を行ないます。 (講師の担当講義(データ解析)で使用しています)。
    • [X] 7.1 一元配置分散分析 (対応なし)
    • [X] 7.2 一元配置分散分析 (対応あり)
  • 参考サイト: 分散分析 数式による説明 https://www.ouj.ac.jp/mijika/tokei/xml/k3_06023.xml

12th 1/13 の講義

Rによる入門統計学

入門統計学の7章
Todo 二群の平均の差の検定 [5/5]

./org/RforS-II-06.html 別の本の内容で解説・演習します。 (講師の担当講義(データ解析)で使用しています)。

  • [X] 指導法データの準備 ./org/RforS-II-data.html
  • [X] 6.1 2つの平均値を比較するケース
  • [X] 6.2 独立な2群の検定
  • [X] 6.3 t-検定の前提条件
  • [X] 6.4 対応のある (z,t)-検定
分散分析

11th 1/6 の講義

Rによる入門統計学

入門統計学の6章
Todo 検定力
./org/R-text-6.html 教科書のまとめ
入門統計学の7章
Todo 二群の平均の差の検定 [1/5]

./org/RforS-II-06.html 別の本の内容で解説します。 (講師の担当講義(データ解析)で使用しています)。

  • [X] 指導法データの準備 ./org/RforS-II-data.html
  • [ ] 6.1 2つの平均値を比較するケース
  • [ ] 6.2 独立な2群の検定
  • [ ] 6.3 t-検定の前提条件
  • [ ] 6.4 対応のある (z,t)-検定

10th 12/23 の講義

Rによる入門統計学

入門統計学の6章
Todo 仮説検定と検定力 [ ] スライド
./org/R-text-6.html 教科書のまとめ 未完

RStudio を使いましょう

RStudioを使ってない人は，RStudio をインストールしましょう。 講義終了後，相談にのります。

Todo RStudio (2) 12/16

./org/daizu.html に従って，Rmarkdown を使ってみましょう。

RStudio (1)

講師も RStudio が使える環境を手に入れたので，気付いたことを書き留めよ うと思います。

  • 生物統計用のプロジェクトを作ろう
  • 毎回のRのプログラムを，R-スクリプトとして残そう
file
file
  • R-script, R-notebook, R-markdown
project
import data set
session
project
session
working directory
workspace
view
R 入門

初心者用 - R_Stats2.pdf の8，9，10，11章

先生の演習ノート [4/6]

9th 12/16の講義

Rによる入門統計学

入門統計学の4章
Todo 信頼区間の推定
  • [X] 大数の法則と中心極限定理
  • [X] 信頼区間の推定
  • [X] 母平均の推定，母分散既知
  • [X] 母平均の推定，母分散未知
  • [X] 母比率の推定，母分布未知
./org/R-text-4.html 教科書のまとめ
入門統計学の5章
カイ二乗分布とF分布 [1/3] スライド
  • [X] カイ二乗分布とF分布
  • [ ] 母分散の区間推定
  • [ ] F分布
./org/R-text-5.html 教科書のまとめ
入門統計学の6章
Todo 仮説検定と検定力 [ ] スライド
./org/R-text-6.html 教科書のまとめ 未完
まとめとRの演習

標本と統計的推測 (6回目のまとめ)

RStudio を使いましょう

RStudioを使ってない人は，RStudio をインストールしましょう。 講義終了後，相談にのります。

Doing RStudio (2) 12/16

./org/daizu.html に従って，Rmarkdown を使ってみましょう。

8th 12/09の講義

Rによる入門統計学

入門統計学の4章
信頼区間の推定 [5/5]
  • [X] 大数の法則と中心極限定理
  • [X] 信頼区間の推定
  • [X] 母平均の推定，母分散既知
  • [X] 母平均の推定，母分散未知
  • [X] 母比率の推定，母分布未知
入門統計学の5章
カイ二乗分布とF分布 [1/3] スライド
  • [X] カイ二乗分布とF分布
  • [ ] 母分散の区間推定
  • [ ] F分布
./org/R-text-5.html 教科書のまとめ
まとめとRの演習
標本と統計的推測 (6回目のまとめ)

RStudio を使いましょう

講師も RStudio が使える環境を手に入れたので， 気付いたことを書き留めようと思います。

  • 生物統計用のプロジェクトを作ろう
  • 毎回のRのプログラムを，R-スクリプトとして残そう
file
file
R-script, R-notebook, R-markdown
project
import data set
session
project
session
working directory
workspace
view

R 入門

初心者用 - R_Stats2.pdf の8，9，10，11章

先生の演習ノート [4/6]

7th 12/02

Rによる入門統計学

入門統計学の4章
信頼区間の推定 [3/5]
  • [X] 大数の法則と中心極限定理
  • [X] 信頼区間の推定
  • [X] 母平均の推定，母分散既知
  • [ ] 母平均の推定，母分散未知
  • [ ] 母比率の推定，母分布未知
まとめとRの演習
標本と統計的推測 (6回目のまとめ)

R 入門

初心者用 - R_Stats2.pdf の8，9，10，11章

先生の演習ノート [4/6]

6th 11/25

Done RStudio を使いましょう

  • 生物統計用のプロジェクトを作ろう
  • 毎回のRのプログラムを，R-スクリプトとして残そう

Rによる入門統計学

入門統計学の3章
推定と誤差 [4/5]
Rの演習
  • ./org/R-text-3.html
    • 標本平均の確率分布をRで理解する
    • 標本不偏分散に関連する確率分布をRで理解する

R 入門

初心者用 - R_Stats2.pdf の8，9，10，11章

先生の演習ノート [3/6]

5th 11/11

Done RStudio を使いましょう

  • 生物統計用のプロジェクトを作ろう
  • 毎回のRのプログラムを，R-スクリプトとして残そう

Done Rの初歩

  • RStudioの概要
  • プロジェクトの作成

Rによる入門統計学

入門統計学の2章
確率分布 [4/4]
  • [X] 確率変数と確率分布
  • [X] 期待値と分散
  • [X] 標準化と偏差
  • [X] 二項分布，ポアソン分布，正規分布

R 入門

初心者用 - R_Stats2.pdf の8，9，10，11章

先生の演習ノート [4/5]

4th 11/04

RStudio を使いましょう

  • 生物統計用のプロジェクトを作ろう
  • 毎回のRのプログラムを，R-スクリプトとして残そう

Rの初歩

  • RStudioの概要
  • プロジェクトの作成

R 入門

初心者用 - R_Stats2.pdf の8，9，10，11章

Rによる統計入門

入門統計学の2章
確率分布
  • 確率変数と確率分布
  • 期待値と分散
  • 標準化と偏差
  • 二項分布，ポアソン分布，正規分布
Rの演習

3rd 10/28

先週は休講にしてすみませんでした。

RStudio を使いましょう

  • 生物統計用のプロジェクトを作ろう
  • 毎回のRのプログラムを，R-スクリプトとして残そう

Rの初歩

  • RStudioの概要
  • プロジェクトの作成

R 入門

Rによる統計入門

  • スライドまたは PDF を手元に準備
入門統計学の1章
  • スライドまたは PDF を手元に準備
Rの演習

今日の演習内容をファイルに保存しましょう。

  • 自分のRの演習フォルダに
  • 日付と項目がわかるように。
入門統計学の2章
統計分布 (スライド)
Rの演習
  • ./org/R-text-2.html
    • 2. データの図示と基本統計量の計算 をやってみましょう

2nd 10/14

講義について

  • お昼休みサッカー (再度)
    • 12:30 ~ グラウンド， 2~10名でのミニゲーム，素人多数，先生，職 員，学生

Done スライドとデータの準備

  • 確認 全員 office 有り

  • ファイル，フォルダ操作の慣れ 

    c:/Users/名前/Onedrive/Documents/R (/は円記号かもしれない)

Done R のインストール

Rcmdr か RStudio を使いましょう

Rの初歩

  • RStudioの概要
  • help
  • 終了
  • ワーキング・ディレクトリ(フォルダ)， .Rhistory, .RData, ~/.Rprofile

R 入門

  • 初心者用 - R_Stats2.pdf

    これを何回かかけてやりましょう

    • 起動と終了
    • 変数への代入
    • 簡単な演算
    • 簡単なベクトル演算
    • 簡単な行列の作成と演算
    • 簡単なリストの作成

Rによる統計入門

入門統計学の1章
  • Excel -> R で書き直し
  • スライドまたは PDF を手元に準備
Rの演習

今日の演習内容をファイルに保存しましょう。

  • 自分のRの演習フォルダに
  • 日付と項目がわかるように。

1st 10/07

講義について

  • シラバス
    • 引き継いだだけの状態，要相談
  • 講師の自己紹介
    • 生物，生命に関し，まったくの素人
    • 数学としての確率・統計を教えている
    • お昼休みサッカー
      • 12:30 ~ グラウンド， 2~10名でのミニゲーム，素人多数，先生，職 員，学生
  • 講義内容
  • 講義方法
  • 講義に関する相談
    • 統計に関する既習のことの確認
    • パソコンの知識
    • 確率統計に関する確認事項
    • Rの習得法

スライドとデータの準備

  • ダウンロード
  • 解凍
  • 確認
    • office 有無
    • ファイル，フォルダ操作の慣れ

前期の確率統計の内容確認

  • 確率
    • 事前確率，事後確率，ベイズの定理
  • 記述統計
    • 平均，分散，共分散，相関
  • 確率分布
    • 確率変数
    • 確率密度関数
    • 期待値
  • ベルヌーイ試行，二項分布，多項分布
  • 一様分布，正規分布，2次元正規分布
  • カイ二乗分布，t-分布，F-分布
  • 母集団と標本
    • 大数の法則，中心極限定理
    • 標本平均が従がう分布の平均と分散
  • 推定
    • 最尤推定
    • 母平均値の区間推定
    • 母分散の区間推定
  • 仮説検定

復習しながら学んでいきましょう。

R のインストール

スライド 00 (解凍したスライドの00章)

  • Rコマンダーのインストール
    • R の起動

    • R のパッケージインストール 

      install.packages("Rcmdr")

    • Rcmdr の起動 

      library(Rcmdr)

関連サイト

shidouhou.csv

社会統計演習 (青山) ここに指導法データの csv ファイルがあります。 windows用，mac用がありますので，選んでダウンロードしてください。

この講義用フォルダの下の data/shidouhou.csv にしましょう。

メモ

講師の講義作業フォルダ

./org の中に講義資料が入っています。 文字化けする場合は，表示ページをそのままファイルに保存してください。

Rmd (Rmarkdown) ファイル

ダウンロードできない場合は，ブラウザで開いて，そのままページを同じ 名前のファイルに保存してくだだい。

Author: suzuki@iwate-u.ac.jp 鈴木正幸，非常勤講師

Created: 2022-04-20 水 08:19

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