生物統計学
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お知らせ
1/20,27 はオンライン講義の予定です。[2022-01-26 水]
15時~から、zoom によるオンライン講義を行ないます。
リアルタイム配信で行ないます。 参加できない人は、録画を視聴してください。
参加、視聴した人は、Googleのアンケートに回答してください。
URL : https://zoom.us/j/5280602571?pwd=WFNlRmYxcHVaRXV3eW10dkswVVFWdz09 ミーティングID: 528 060 2571 パスコード: 0yzsb1
12/13,20 はオンライン講義をおこないました。
13回目の講義を録画しました。
https://drive.google.com/file/d/1i7sbOa9XrBiiZ8g4LRKqcbjH9_zsPMiN/view?usp=sharing
視聴後は、Googleドライブの12回目の講義のアンケートに回答してください。
12回目の講義を録画しました。
https://drive.google.com/file/d/1ja0WjrCd9exeifwuJ-ROGFJBJFNEONGk/view?usp=sharing
講義開始後10分位、録画されてませんので注意してください。 レポートの説明をしたのですが、録画されていません。 講義の終りに再度度説明しました。
視聴後は、Googleドライブの12回目の講義のアンケートに回答してください。
毎回のアンケート [2022-01-26 水]
3,4,5 回目のレポートを出題しました [2022-01-20 木]
12/16 の手書き説明
./summary/summary.html にアップしました。
2回目のレポートを出題しました
12/02 講義終了後，R/RStudio の質問に答える時間を設けます。
先週，何人かの人から質問がありましたが，解答にまとまった時間が取れませ んでした。すみません。
なので，要望があれば，今週から，一緒に考える時間を取りたいと思っていま す。
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Todo 今日 (1/27) の講義 13th
Rによる入門統計学
- スライドまたは PDF を手元に準備
- http://wiki.cis.iwate-u.ac.jp/~suzuki/bio_stat/org
入門統計学の8章
分散分析
一元配置
[X]教科書とスライドによる内容説明[4/4][X]8.1 3群以上の平均の差の検定[X]8.2 対応のない一元配置分散分析[X]8.3 F検定[X]8.4 対応のある一元配置分散分析
- ./org/RforS-II-07.html
[2/2]別の本の内容でRによる演習を行ないます。 (講師の担当講義(データ解析)で使用しています)。[X]7.1 一元配置分散分析 (対応なし)[X]7.2 一元配置分散分析 (対応あり)
- 参考サイト: 分散分析 数式による説明 https://www.ouj.ac.jp/mijika/tokei/xml/k3_06023.xml
二元配置 [3/3]
[X]2元配置分散分析（Two-way ANOVA）概説，stats-guild[X]【統計学】分散分析 一元配置分散分析・二元配置分散分析- 完璧ですが，
- 二元配置には繰り返しがない場合だけ
[X]演習 Webpage for Probability Theory and Statistics (B)
分散分析のまとめ [/]
分散分析とは何ですか？【分散で要因を特定します】 | シグマアイ-仕 事で 使える統計を-
複数の平均値の比較を，図的に理解してください。
- file:~/COMM/Lects/biostat/2021/org/Stat-variance-analysis.org
- 二元配置についてもまとめました
- 群間と群内の変動で統一しました。
- 交互効果についてまだ確証がないのですが。。。
検出力 [/]
[ ]./org/power.html の中の R言語 検出力・サンプルサイズ t検定や母比率の検定の検出力の 計算 の中の下記項目について演習[ ]power.t.test,[ ]power.anova.test
多重比較法 [/]
下記ページで簡単にふれます:
- 多重比較法（Multiple Comparison Procedure）- よくまとまっている
実践演習
- 各自このページを読み
- RStudio をつかってまとめ・理解・演習し
- Rstudio で文書化しましょう。
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Todo RStudio
Rnotebook から pdf を作成するために
repocoを使うための準備について を参考に，
- RStudio で，tinytex パッケージのインストール
- tinytexパッケージに機能で， TeXLive の tiny 版をインストール
- ghostscript をインストール
- RStudio の に_knit_to_PDF の中から，ghostscript を呼びだせるように 設定する
./org/daizu.html に従って，Rmarkdown を使ってみましょう。
./org/daizu.Rmd に従って，Rmarkdown を使ってみましょう。
RStudio (1)
講師も RStudio が使える環境を手に入れたので，気付いたことを書き留めよ うと思います。
- 生物統計用のプロジェクトを作ろう
- 毎回のRのプログラムを，R-スクリプトとして残そう
RStudio の機能
- file
- file
- R-script
- R-notebook
- R-markdown
- project
- import data set
- file
- session
- project
- session
- working directory
- workspace
- view
- Run
- chunk
- Knit
- chunk
project
import data set
session
- new session
project
session
working directory
workspace
view
R 入門
初心者用 - R_Stats2.pdf の8，9，10，11章
先生の演習ノート [4/6]
[X]./org/R-intro-1.html - 基本操作[X]./org/R-intro-2.html - データ処理[X]./org/R-intro-3.html[X]89 ファイルの読み書き 12/02[X]10 スクリプトの実行 12/02 RStudio で[X]11 関数を作る
[ ]./org/R-intro-4.html - 12グラフ[X]./org/R-intro-5.html - 13構文[ ]./org/R-intro-6.html - 14その他
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講義記録
1/20 の講義 13th
Rによる入門統計学
- スライドまたは PDF を手元に準備
- http://wiki.cis.iwate-u.ac.jp/~suzuki/bio_stat/org
入門統計学の8章
分散分析
[X]教科書とスライドによる内容説明[4/4][X]8.1 3群以上の平均の差の検定[X]8.2 対応のない一元配置分散分析[X]8.3 F検定[X]8.4 対応のある一元配置分散分析
- ./org/RforS-II-07.html
[2/2]別の本の内容でRによる演習を行ないます。 (講師の担当講義(データ解析)で使用しています)。[X]7.1 一元配置分散分析 (対応なし)[X]7.2 一元配置分散分析 (対応あり)
- 参考サイト: 分散分析 数式による説明 https://www.ouj.ac.jp/mijika/tokei/xml/k3_06023.xml
[3/3][X]2元配置分散分析（Two-way ANOVA）概説，stats-guild[X]【統計学】分散分析 一元配置分散分析・二元配置分散分析 - 完璧[X]演習 Webpage for Probability Theory and Statistics (B)
12th 1/13 の講義
Rによる入門統計学
- スライドまたは PDF を手元に準備
- http://wiki.cis.iwate-u.ac.jp/~suzuki/bio_stat/org
入門統計学の7章
Todo 二群の平均の差の検定 [5/5]
./org/RforS-II-06.html 別の本の内容で解説・演習します。 (講師の担当講義(データ解析)で使用しています)。
[X]指導法データの準備 ./org/RforS-II-data.html[X]6.1 2つの平均値を比較するケース[X]6.2 独立な2群の検定[X]6.3 t-検定の前提条件[X]6.4 対応のある (z,t)-検定
分散分析
[-]教科書とスライドによる内容説明[3/4][X]8.1 3群以上の平均の差の検定[X]8.2 対応のない一元配置分散分析[X]8.3 F検定[ ]8.4 対応のある一元配置分散分析
- ./org/RforS-II-07.html
[0/2]別の本の内容でRによる演習を行ないます。 (講師の担当講義(データ解析)で使用しています)。[ ]7.1 一元配置分散分析 (対応なし)[ ]7.2 一元配置分散分析 (対応あり)
- 参考サイト: 分散分析 数式による説明 https://www.ouj.ac.jp/mijika/tokei/xml/k3_06023.xml
- 検出力
[ ]./org/power.html の中の R言語 検出力・サンプルサイズ t検定や母比率の検定の検出力の 計算 の中の power.anova.test
11th 1/6 の講義
Rによる入門統計学
- スライドまたは PDF を手元に準備
- http://wiki.cis.iwate-u.ac.jp/~suzuki/bio_stat/org
入門統計学の7章
Todo 二群の平均の差の検定 [1/5]
./org/RforS-II-06.html 別の本の内容で解説します。 (講師の担当講義(データ解析)で使用しています)。
[X]指導法データの準備 ./org/RforS-II-data.html[ ]6.1 2つの平均値を比較するケース[ ]6.2 独立な2群の検定[ ]6.3 t-検定の前提条件[ ]6.4 対応のある (z,t)-検定
10th 12/23 の講義
Rによる入門統計学
- スライドまたは PDF を手元に準備
- http://wiki.cis.iwate-u.ac.jp/~suzuki/bio_stat/org
入門統計学の6章
Todo 仮説検定と検定力 [ ] スライド
[X]検定の概要[X]仮説の検定[X]1標本の母平均の検定[X]例題 ./org/examples-06.html
[X]標準正規分布やt分布の利用[X]例題 ./org/examples-06.html
[ ]検出力分析
./org/R-text-6.html 教科書のまとめ 未完
RStudio を使いましょう
RStudioを使ってない人は，RStudio をインストールしましょう。 講義終了後，相談にのります。
Todo RStudio (2) 12/16
./org/daizu.html に従って，Rmarkdown を使ってみましょう。
RStudio (1)
講師も RStudio が使える環境を手に入れたので，気付いたことを書き留めよ うと思います。
- 生物統計用のプロジェクトを作ろう
- 毎回のRのプログラムを，R-スクリプトとして残そう
session
view
R 入門
初心者用 - R_Stats2.pdf の8，9，10，11章
先生の演習ノート [4/6]
[X]./org/R-intro-1.html - 基本操作[X]./org/R-intro-2.html - データ処理[X]./org/R-intro-3.html[X]89 ファイルの読み書き 12/02[X]10 スクリプトの実行 12/02[X]11 関数を作る
[ ]./org/R-intro-4.html - 12グラフ[X]./org/R-intro-5.html - 13構文[ ]./org/R-intro-6.html - 14その他
9th 12/16の講義
Rによる入門統計学
- スライドまたは PDF を手元に準備
- http://wiki.cis.iwate-u.ac.jp/~suzuki/bio_stat/org
入門統計学の4章
Todo 信頼区間の推定
[X]大数の法則と中心極限定理[X]信頼区間の推定[X]母平均の推定，母分散既知[X]母平均の推定，母分散未知[X]母比率の推定，母分布未知
./org/R-text-4.html 教科書のまとめ
入門統計学の6章
Todo 仮説検定と検定力 [ ] スライド
[X]検定の概要[X]仮説の検定[X]1標本の母平均の検定[X]例題 ./org/examples-06.html
[ ]標準正規分布やt分布の利用[ ]例題 ./org/examples-06.html
[ ]検出力分析
./org/R-text-6.html 教科書のまとめ 未完
まとめとRの演習
- http://wiki.cis.iwate-u.ac.jp/~suzuki/RforS/org/Stat-interval-estimation.html
[X]信頼区間の推定[X]母平均の推定，母分散既知[X]母平均の推定，母分散未知[X]母平均の推定，母分布未知[X]母比率の推定，母分布未知
標本と統計的推測 (6回目のまとめ)
- http://wiki.cis.iwate-u.ac.jp/~suzuki/RforS/org/Stat-estimation.html
[X]大数の法則と中心極限定理[X]標本平均の従う分布[X]標本不偏分散の従う分布
- http://wiki.cis.iwate-u.ac.jp/~suzuki/RforS/org/Stat-estimation-2.html
RStudio を使いましょう
RStudioを使ってない人は，RStudio をインストールしましょう。 講義終了後，相談にのります。
Doing RStudio (2) 12/16
./org/daizu.html に従って，Rmarkdown を使ってみましょう。
8th 12/09の講義
Rによる入門統計学
- スライドまたは PDF を手元に準備
- http://wiki.cis.iwate-u.ac.jp/~suzuki/bio_stat/org
入門統計学の4章
信頼区間の推定 [5/5]
[X]大数の法則と中心極限定理[X]信頼区間の推定[X]母平均の推定，母分散既知[X]母平均の推定，母分散未知[X]母比率の推定，母分布未知
まとめとRの演習
- http://wiki.cis.iwate-u.ac.jp/~suzuki/RforS/org/Stat-interval-estimation.html
[X]信頼区間の推定[X]母平均の推定，母分散既知[X]母平均の推定，母分散未知[X]母平均の推定，母分布未知[X]母比率の推定，母分布未知
標本と統計的推測 (6回目のまとめ)
- http://wiki.cis.iwate-u.ac.jp/~suzuki/RforS/org/Stat-estimation.html
[X]大数の法則と中心極限定理[X]標本平均の従う分布[X]標本不偏分散の従う分布
- http://wiki.cis.iwate-u.ac.jp/~suzuki/RforS/org/Stat-estimation-2.html
RStudio を使いましょう
講師も RStudio が使える環境を手に入れたので， 気付いたことを書き留めようと思います。
- 生物統計用のプロジェクトを作ろう
- 毎回のRのプログラムを，R-スクリプトとして残そう
file
file
project
import data set
session
project
session
working directory
workspace
view
R 入門
初心者用 - R_Stats2.pdf の8，9，10，11章
先生の演習ノート [4/6]
[X]./org/R-intro-1.html - 基本操作[X]./org/R-intro-2.html - データ処理[X]./org/R-intro-3.html[X]89 ファイルの読み書き 12/02[X]10 スクリプトの実行 12/02[X]11 関数を作る
[ ]./org/R-intro-4.html - 12グラフ[X]./org/R-intro-5.html - 13構文[ ]./org/R-intro-6.html - 14その他
7th 12/02
Rによる入門統計学
- スライドまたは PDF を手元に準備
- http://wiki.cis.iwate-u.ac.jp/~suzuki/bio_stat/org
入門統計学の4章
信頼区間の推定 [3/5]
[X]大数の法則と中心極限定理[X]信頼区間の推定[X]母平均の推定，母分散既知[ ]母平均の推定，母分散未知[ ]母比率の推定，母分布未知
- http://wiki.cis.iwate-u.ac.jp/~suzuki/RforS/org/Stat-interval-estimation.html
[X]大数の法則と中心極限定理[X]信頼区間の推定[X]母平均の推定，母分散既知[ ]母平均の推定，母分散未知[ ]母比率の推定，母分布未知
標本と統計的推測 (6回目のまとめ)
R 入門
初心者用 - R_Stats2.pdf の8，9，10，11章
先生の演習ノート [4/6]
[X]./org/R-intro-1.html - 基本操作[X]./org/R-intro-2.html - データ処理[X]./org/R-intro-3.html[X]89 ファイルの読み書き 12/02[X]10 スクリプトの実行 12/02[X]11 関数を作る
[ ]./org/R-intro-4.html - 12グラフ[X]./org/R-intro-5.html - 13構文[ ]./org/R-intro-6.html - 14その他
6th 11/25
Done RStudio を使いましょう ►
- 生物統計用のプロジェクトを作ろう
- 毎回のRのプログラムを，R-スクリプトとして残そう
Rによる入門統計学
- スライドまたは PDF を手元に準備
- http://wiki.cis.iwate-u.ac.jp/~suzuki/bio_stat/org
入門統計学の3章
推定と誤差 [4/5]
[X]推測統計学とは[X]標本平均と標本不偏分散[X]標本分布と誤差[X]標本のばらつき[ ]標本分布のまとめ
Rの演習
- ./org/R-text-3.html
- 標本平均の確率分布をRで理解する
- 標本不偏分散に関連する確率分布をRで理解する
R 入門
初心者用 - R_Stats2.pdf の8，9，10，11章
先生の演習ノート [3/6]
[X]./org/R-intro-1.html - 基本操作[X]./org/R-intro-2.html - データ処理[-]./org/R-intro-3.html[ ]89 ファイルの読み書き,[ ]10 スクリプトの実行[X]11 関数を作る
[ ]./org/R-intro-4.html - 12グラフ[X]./org/R-intro-5.html - 13構文[ ]./org/R-intro-6.html - 14その他
5th 11/11
Done RStudio を使いましょう ►
- 生物統計用のプロジェクトを作ろう
- 毎回のRのプログラムを，R-スクリプトとして残そう
Done Rの初歩 ►
- RStudioの概要
- プロジェクトの作成
Rによる入門統計学
- スライドまたは PDF を手元に準備
- http://wiki.cis.iwate-u.ac.jp/~suzuki/bio_stat/org
入門統計学の2章
確率分布 [4/4]
[X]確率変数と確率分布[X]期待値と分散[X]標準化と偏差[X]二項分布，ポアソン分布，正規分布
R 入門
初心者用 - R_Stats2.pdf の8，9，10，11章
先生の演習ノート [4/5]
[X]./org/R-intro-1.html - 基本操作[X]./org/R-intro-2.html - データ処理[X]./org/R-intro-3.html - 89ファイルの読み書き, 10スクリプトの実行, 11関数を作る[X]./org/R-intro-4.html - 12グラフ[X]./org/R-intro-5.html - 13構文[ ]./org/R-intro-6.html - 14その他
4th 11/04
RStudio を使いましょう
- 生物統計用のプロジェクトを作ろう
- 毎回のRのプログラムを，R-スクリプトとして残そう
Rの初歩
- RStudioの概要
- プロジェクトの作成
R 入門
初心者用 - R_Stats2.pdf の8，9，10，11章
- 先生の演習ノート bio_stat/R-intro-3.org at main · masayuki054/bio_stat
- ファイルの読み書き
- スクリプトの実行
- 関数を作る
Rによる統計入門
- スライドまたは PDF を手元に準備
- http://wiki.cis.iwate-u.ac.jp/~suzuki/bio_stat/org
入門統計学の2章
確率分布
- 確率変数と確率分布
- 期待値と分散
- 標準化と偏差
- 二項分布，ポアソン分布，正規分布
Rの演習
- http://wiki.cis.iwate-u.ac.jp/~suzuki/bio_stat/org/R-text-2.html
- 2. データの図示と基本統計量の計算 をやってみましょう
3rd 10/28
先週は休講にしてすみませんでした。
RStudio を使いましょう
- 生物統計用のプロジェクトを作ろう
- 毎回のRのプログラムを，R-スクリプトとして残そう
Rの初歩
- RStudioの概要
- プロジェクトの作成
R 入門
- 初心者用 - R_Stats2.pdf，
- 先生の演習ノート ./org/R-intro-2.html
- 簡単な行列の作成と演算
- 簡単なリストの作成
- 簡単なデータフレームの作成
Rによる統計入門
- スライドまたは PDF を手元に準備
入門統計学の1章
- スライドまたは PDF を手元に準備
Rの演習
2nd 10/14
講義について
- お昼休みサッカー (再度)
- 12:30 ~ グラウンド， 2~10名でのミニゲーム，素人多数，先生，職 員，学生
Done スライドとデータの準備 ►
- 確認 全員 office 有り
ファイル，フォルダ操作の慣れ
c:/Users/名前/Onedrive/Documents/R (/は円記号かもしれない)
Done R のインストール ►
Rcmdr か RStudio を使いましょう
Rcmdr の起動
library(Rcmdr)
- Rcmdr を自動的に起動する方法
Rの初歩
- RStudioの概要
- help
- 終了
- ワーキング・ディレクトリ(フォルダ)， .Rhistory, .RData, ~/.Rprofile
R 入門
-
これを何回かかけてやりましょう
- 起動と終了
- 変数への代入
- 簡単な演算
- 簡単なベクトル演算
- 簡単な行列の作成と演算
- 簡単なリストの作成
Rによる統計入門
入門統計学の1章
- Excel -> R で書き直し
- スライドまたは PDF を手元に準備
Rの演習
今日の演習内容をファイルに保存しましょう。
- 自分のRの演習フォルダに
- 日付と項目がわかるように。
1st 10/07
講義について
- シラバス
- 引き継いだだけの状態，要相談
- 講師の自己紹介
- 生物，生命に関し，まったくの素人
- 数学としての確率・統計を教えている
- お昼休みサッカー
- 12:30 ~ グラウンド， 2~10名でのミニゲーム，素人多数，先生，職 員，学生
- 講義内容
- 講義方法
- 講義に関する相談
- 統計に関する既習のことの確認
- パソコンの知識
- 確率統計に関する確認事項
- Rの習得法
スライドとデータの準備
- ダウンロード
- 解凍
- 確認
- office 有無
- ファイル，フォルダ操作の慣れ
前期の確率統計の内容確認
- 確率
- 事前確率，事後確率，ベイズの定理
- 記述統計
- 平均，分散，共分散，相関
- 確率分布
- 確率変数
- 確率密度関数
- 期待値
- ベルヌーイ試行，二項分布，多項分布
- 一様分布，正規分布，2次元正規分布
- カイ二乗分布，t-分布，F-分布
- 母集団と標本
- 大数の法則，中心極限定理
- 標本平均が従がう分布の平均と分散
- 推定
- 最尤推定
- 母平均値の区間推定
- 母分散の区間推定
- 仮説検定
復習しながら学んでいきましょう。
R のインストール
スライド 00 (解凍したスライドの00章)
- R とは
- R のインストール
- ダウンロード CRAN国内ミラーの使い方 - RjpWiki
- インストーラの実行
- 確認
- Rコマンダーのインストール
- R の起動
R のパッケージインストール
install.packages("Rcmdr")Rcmdr の起動
library(Rcmdr)
関連サイト
shidouhou.csv
社会統計演習 (青山) ここに指導法データの csv ファイルがあります。 windows用，mac用がありますので，選んでダウンロードしてください。
この講義用フォルダの下の data/shidouhou.csv にしましょう。
メモ
統計
講師の講義作業フォルダ
./org の中に講義資料が入っています。 文字化けする場合は，表示ページをそのままファイルに保存してください。
Rmd (Rmarkdown) ファイル
ダウンロードできない場合は，ブラウザで開いて，そのままページを同じ 名前のファイルに保存してくだだい。
./org/example-03m.Rmd (./org/example-03.html)
頻度表と確率密度関数のグラフを重ねて，標本分布を実感する
./org/example-06m.Rmd (./org/example-06.html)
検定
./org/RforS-II-06m.Rmd (./org/RforS-II-06.html)
二つの平均値の比較 (検定)，Rによるやさしい統計学6章のまとめ。 教科書7章にあたります。